À compter du 1er septembre 2026, les règles applicables aux arrêts maladie des fonctionnaires et agents publics évoluent sensiblement. L’administration pourra notamment faire contrôler la présence de l’agent à son domicile pendant certaines plages horaires et une absence injustifiée ou un refus de contrôle pourra entraîner l’interruption de la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt. Les prescriptions d’arrêt de travail sont également davantage encadrées, avec une durée maximale de principe de 31 jours pour un arrêt initial et de 62 jours pour une prolongation. Ces nouvelles règles concernent les trois versants de la fonction publique et modifient concrètement les précautions à prendre lorsqu’un agent est placé en congé pour raison de santé. Le Cabinet Chavkhalov & Milcent Avocats accompagne les fonctionnaires et agents publics confrontés à une interruption de rémunération, à un contrôle contesté ou à toute difficulté avec leur administration concernant un arrêt de travail.
Pourquoi les règles des arrêts maladie changent-elles au 1er septembre 2026 ?
Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires modifie en profondeur plusieurs textes réglementaires applicables aux fonctionnaires et agents contractuels.
Le texte concerne la fonction publique de l’État, la fonction publique territoriale et la fonction publique hospitalière. Il vise notamment à rapprocher certaines règles applicables aux agents publics de celles déjà applicables aux salariés en matière d’arrêt de travail : formalisme du certificat, durée des prescriptions, obligations de présence et contrôle administratif. La majorité de ces nouvelles dispositions s’applique aux congés pour raisons de santé débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026.
Il ne s’agit donc pas simplement d’une modification technique.
Pour l’agent, les conséquences peuvent être financières particulièrement importantes puisque certaines irrégularités peuvent désormais conduire à une interruption du versement de sa rémunération.
La principale nouveauté concerne précisément la possibilité pour l’administration de vérifier la présence de l’agent à son domicile.
L’administration peut-elle désormais contrôler un fonctionnaire à son domicile pendant son arrêt maladie ?
Oui.
À compter du 1er septembre 2026, les textes prévoient expressément un contrôle administratif de l’arrêt de travail, distinct du contrôle médical effectué par un médecin agréé.
Dans la fonction publique de l’État, l’administration peut faire procéder à ce contrôle par une personne dûment habilitée.
La même possibilité est reconnue à l’autorité territoriale pour les fonctionnaires territoriaux et à l’autorité investie du pouvoir de nomination dans la fonction publique hospitalière.
Le contrôle porte sur la présence de l’agent à son domicile ou, lorsqu’il séjourne ailleurs pendant son arrêt, à son lieu de repos déclaré.
L’administration ne vient donc pas vérifier elle-même si l’agent est réellement malade. Cette question relève du contrôle médical.
Le contrôle administratif vise uniquement à vérifier si l’agent respecte ses obligations de présence pendant l’arrêt.
Cette distinction est essentielle.
Quelle différence entre contrôle administratif et contrôle médical ?
Un contrôle médical porte sur le bien-fondé médical de l’arrêt.
L’administration peut notamment faire examiner l’agent par un médecin agréé afin de déterminer si son état de santé justifie la poursuite de son congé.
Cette possibilité existait déjà avant la réforme.
Le Conseil d’État, 12 juin 2013, n° 364971 avait notamment rappelé les conséquences pouvant être tirées des conclusions d’une contre-visite médicale lorsque le médecin agréé estime que le fonctionnaire est apte à reprendre ses fonctions.
Le contrôle administratif créé ou généralisé par les nouvelles dispositions répond à une logique différente.
La personne chargée du contrôle n’a pas à apprécier l’état médical de l’agent. Elle vérifie simplement sa présence au lieu où il est censé se trouver pendant les périodes durant lesquelles les sorties sont interdites ou encadrées.
Un agent peut donc respecter parfaitement son arrêt sur le plan médical tout en rencontrant une difficulté à l’occasion d’un contrôle administratif s’il n’est pas présent à son domicile au moment où il devait l’être.
Inversement, le fait d’être présent à domicile ne prive évidemment pas l’administration de la possibilité de diligenter parallèlement un contrôle médical.
À quelles heures un fonctionnaire en arrêt maladie doit-il être présent chez lui ?
La réforme renvoie sur ce point aux règles prévues par l’article R. 323-11-1 du Code de la sécurité sociale.
Lorsque les sorties sont autorisées mais ne sont pas libres, l’agent doit en principe être présent à son domicile de 9 heures à 11 heures et de 14 heures à 16 heures.
Cette obligation s’applique également les samedis, dimanches et jours fériés pendant la période couverte par l’arrêt.
Une exception existe lorsque l’agent doit s’absenter pendant ces horaires pour recevoir des soins ou subir des examens médicaux.
Il faut donc regarder très attentivement ce qui figure sur l’arrêt de travail.
Le médecin peut indiquer que les sorties ne sont pas autorisées.
Il peut également autoriser les sorties tout en maintenant les plages de présence obligatoire.
Enfin, il peut autoriser des sorties libres lorsque la situation médicale le justifie.
Les possibilités de contrôle de l’administration ne sont pas identiques dans chacune de ces situations.
Que se passe-t-il lorsque le médecin a autorisé les sorties libres ?
Lorsque les sorties libres sont médicalement autorisées, l’agent n’est pas soumis aux plages ordinaires de présence de 9 heures à 11 heures et de 14 heures à 16 heures.
C’est précisément pour cette raison que le contenu de l’avis d’arrêt de travail est déterminant.
Le décret du 29 juillet 2026 autorise le contrôle administratif de la présence lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou pendant les heures de présence obligatoire définies par le Code de la sécurité sociale.
Une administration ne pourrait donc pas simplement considérer qu’un agent bénéficiant régulièrement de sorties libres devait nécessairement être chez lui à 10 heures ou à 15 heures.
En cas de litige, la première vérification doit porter sur la case effectivement renseignée par le médecin et sur les éventuelles prescriptions particulières figurant sur l’arrêt.
Que se passe-t-il si l’agent n’est pas présent lors du contrôle ?
La conséquence prévue par le décret est particulièrement lourde.
Une absence injustifiée lors du contrôle ou un refus de se soumettre au contrôle entraîne l’interruption du versement de la rémunération jusqu’à la date de fin de l’arrêt de travail.
Le texte précise en outre que la période pendant laquelle la rémunération a été interrompue continue à être comptabilisée dans la durée du congé en cours.
L’agent peut donc se retrouver dans une situation très défavorable : il continue à consommer ses droits à congé tout en ne percevant plus la rémunération correspondante.
Cette conséquence explique pourquoi tout désaccord sur les conditions dans lesquelles le contrôle s’est déroulé doit être examiné rapidement.
Une simple absence constatée ne signifie toutefois pas nécessairement que la mesure est légalement justifiée.
Le décret vise expressément une absence injustifiée.
Dans quelles situations une absence au domicile peut-elle être justifiée ?
Le cas le plus évident est celui des soins ou examens médicaux réalisés pendant les horaires de présence obligatoire.
L’article R. 323-11-1 du Code de la sécurité sociale prévoit expressément cette exception.
Un agent qui se trouve chez son médecin, à l’hôpital, chez un kinésithérapeute ou dans un établissement de soins au moment du contrôle doit donc conserver les justificatifs permettant d’établir précisément l’heure de son rendez-vous.
D’autres circonstances peuvent également appeler une appréciation concrète.
Il peut notamment exister une difficulté tenant à l’adresse à laquelle le contrôle a été effectué alors que l’administration avait été régulièrement informée que l’agent séjournait temporairement dans un autre lieu pendant sa convalescence.
Il faudra également vérifier que la personne ayant procédé au contrôle était effectivement habilitée et que le contrôle est intervenu pendant une période au cours de laquelle l’agent avait une obligation de présence.
Le contentieux devrait donc porter très concrètement sur les circonstances du contrôle.
L’administration peut-elle contrôler l’agent n’importe quand ?
Non.
Le décret ne crée pas une obligation générale pour tout agent malade de rester enfermé à son domicile pendant toute la durée de son arrêt.
Le contrôle administratif est lié aux prescriptions figurant sur l’avis d’arrêt de travail.
Lorsque les sorties sont interdites, la présence au domicile ou au lieu de repos peut naturellement être vérifiée.
Lorsque les sorties sont autorisées avec restriction, les plages de présence obligatoire sont en principe celles de 9 heures à 11 heures et de 14 heures à 16 heures.
Lorsque les sorties sont libres, ces plages ne sont pas applicables dans les mêmes conditions.
Il est donc indispensable de comparer l’heure du contrôle avec le régime de sortie indiqué par le médecin.
Une interruption de rémunération fondée sur une absence constatée en dehors d’une période de présence obligatoire pourrait soulever une difficulté sérieuse.
Le contrôle doit-il être effectué par un médecin ?
Pas lorsqu’il s’agit du nouveau contrôle administratif.
Le décret prévoit que celui-ci peut être effectué par toute personne dûment habilitée à cet effet.
Il ne faut donc pas confondre cette visite avec la contre-visite d’un médecin agréé.
La personne qui contrôle la présence n’a pas à examiner l’agent, à lui demander de présenter son dossier médical ou à porter une appréciation sur sa pathologie.
Elle doit uniquement vérifier le respect de l’obligation de présence.
Si une administration entend remettre en cause la justification médicale de l’arrêt, elle doit utiliser les mécanismes de contrôle médical prévus par les textes.
Cette distinction peut devenir importante si, sous couvert d’un contrôle administratif, des questions médicales étrangères à sa finalité sont posées à l’agent.
L’agent doit-il communiquer sa maladie à la personne qui effectue le contrôle ?
Non.
Le contrôle de présence ne supprime évidemment pas le secret médical.
L’employeur public n’a pas à connaître le diagnostic précis justifiant l’arrêt de travail.
L’administration doit disposer des informations nécessaires pour gérer la situation administrative de l’agent et connaître les éventuelles restrictions concernant les sorties, mais cela ne signifie pas que l’intéressé doive révéler la nature de sa pathologie au contrôleur.
Le contrôle doit donc rester centré sur son objet : la présence ou non de l’agent au lieu déclaré.
Faut-il informer son administration lorsque l’on séjourne ailleurs pendant son arrêt ?
Cette précaution devient particulièrement importante.
Le texte vise expressément le domicile de l’agent ou son lieu de repos s’il est différent.
Un fonctionnaire peut parfaitement passer sa période de convalescence chez un membre de sa famille ou dans une autre résidence lorsque son état de santé le permet.
Mais si l’administration ignore cette adresse et organise le contrôle à l’adresse habituelle de l’agent, une difficulté peut apparaître.
En pratique, lorsqu’un agent ne séjourne pas à son domicile habituel pendant son arrêt, il est prudent d’en informer clairement son administration par un moyen permettant de conserver la preuve de cette transmission.
Il faut indiquer l’adresse à laquelle il peut effectivement être contrôlé, sans communiquer d’informations médicales inutiles.
Que faire si le contrôleur passe alors que l’agent est chez le médecin ?
Il faut immédiatement réunir les justificatifs.
Une attestation de présence, une convocation, un justificatif de consultation ou tout document mentionnant l’heure du rendez-vous permettra de démontrer que l’absence du domicile n’était pas injustifiée.
L’article R. 323-11-1 prévoit précisément que l’obligation de présence de 9 heures à 11 heures et de 14 heures à 16 heures ne fait pas obstacle aux soins et examens médicaux.
Il est donc préférable de transmettre rapidement l’explication à l’administration plutôt que d’attendre qu’une interruption de rémunération soit effectivement appliquée.
Si une décision financière est néanmoins prise, il faudra conserver à la fois les justificatifs médicaux et tous les échanges intervenus avec l’administration.
Quelle est désormais la durée maximale d’un arrêt maladie initial ?
Autre changement majeur au 1er septembre 2026 : la durée des prescriptions est plafonnée.
L’article R. 162-1-7-1 du Code de la sécurité sociale prévoit désormais qu’un arrêt initial prescrit par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme ne peut en principe dépasser 31 jours.
Une prolongation peut être prescrite pour une durée maximale de 62 jours. Ces plafonds s’appliquent aux prescriptions et prolongations établies à compter du 1er septembre 2026.
Le décret du 29 juillet 2026 transpose cette logique aux congés pour raisons de santé des agents publics en renvoyant expressément à ces dispositions du Code de la sécurité sociale.
Un médecin ne pourra donc plus, dans les situations ordinaires visées par le dispositif, rédiger directement un arrêt initial de plusieurs mois sur un seul avis.
La situation devra être renouvelée selon les modalités prévues par les textes.
Cela signifie-t-il qu’un congé de longue maladie ne peut plus durer plus de 31 jours ?
Non.
Il faut distinguer la durée totale du congé statutaire et la durée maximale d’une prescription médicale individuelle.
Le congé de longue maladie reste un congé pouvant atteindre trois ans lorsque les conditions prévues par l’article L. 822-6 du Code général de la fonction publique sont réunies.
La réforme ne réduit donc pas le droit statutaire au congé de longue maladie à 31 jours.
En revanche, les nouvelles règles organisent les périodes pour lesquelles l’arrêt est prescrit ou renouvelé.
Le décret prévoit notamment que le congé de longue maladie ou de longue durée peut être accordé ou renouvelé, dans la limite de six mois, sur présentation de l’avis d’arrêt de travail répondant aux nouvelles conditions.
Il faut donc éviter de confondre trois notions : la durée maximale de la prescription du médecin, la durée de la période administrative accordée ou renouvelée et la durée totale des droits statutaires de l’agent.
Qui doit prescrire une prolongation de l’arrêt ?
La réforme renvoie également aux règles du Code de la sécurité sociale concernant l’auteur de la prolongation.
En principe, une prolongation doit être prescrite par le médecin ayant établi l’arrêt initial ou par le médecin traitant.
Des exceptions existent notamment lorsque la prolongation est prescrite par un spécialiste consulté à la demande du médecin traitant, par son remplaçant ou lors d’une hospitalisation.
Lorsque la prolongation est établie par un autre praticien en dehors de ces hypothèses, l’impossibilité de consulter le médecin normalement compétent doit pouvoir être justifiée.
Le décret du 29 juillet 2026 prévoit que la rémunération de l’agent n’est maintenue, en cas de prolongation, que si celle-ci a été prescrite conformément à ces règles.
Il ne s’agit donc plus seulement d’une question administrative secondaire.
Le choix du médecin qui établit la prolongation peut directement avoir des conséquences sur la rémunération.
Que se passe-t-il si le médecin traitant n’est pas disponible ?
Les textes prévoient précisément certaines exceptions.
Un médecin remplaçant peut prescrire la prolongation.
Un spécialiste consulté à la demande du médecin traitant peut également intervenir.
Une prolongation délivrée dans le cadre d’une hospitalisation est également prévue.
Enfin, lorsqu’aucun de ces cas n’est applicable, l’intéressé peut établir qu’il lui était impossible de consulter le prescripteur initial ou son médecin traitant.
Il est alors essentiel de pouvoir documenter cette impossibilité.
Un rendez-vous indisponible avant l’expiration de l’arrêt, une fermeture du cabinet ou une circonstance médicale particulière peuvent nécessiter de conserver des éléments de preuve.
L’agent ne doit donc pas attendre le dernier jour de son arrêt pour organiser sa prolongation lorsqu’il sait qu’il ne sera pas en mesure de reprendre ses fonctions.
Le formulaire papier d’arrêt maladie change-t-il également ?
La réglementation tend désormais vers une sécurisation accrue des avis d’arrêt de travail.
Lorsque l’avis n’est pas transmis de manière dématérialisée, l’article R. 321-2 du Code de la sécurité sociale impose l’utilisation d’un formulaire répondant à des spécifications techniques permettant son authentification.
Le décret du 29 juillet 2026 renvoie désormais à ce dispositif pour les agents publics.
L’objectif est notamment de limiter l’utilisation de faux arrêts de travail ou de formulaires non authentifiables.
Pour l’agent, la prudence est simple : il convient d’utiliser le document remis par le professionnel de santé et de respecter les modalités de transmission prévues.
Une copie improvisée, un document modifié ou un support non conforme peut entraîner des difficultés qui ne portent plus seulement sur la justification médicale de l’absence, mais sur la régularité même de l’avis produit.
Les nouvelles règles concernent-elles seulement les fonctionnaires titulaires ?
Non.
Le décret concerne également les agents contractuels des trois versants de la fonction publique.
Les textes applicables aux contractuels de l’État, des collectivités territoriales et des établissements hospitaliers sont modifiés afin de leur rendre applicables plusieurs des nouvelles règles relatives notamment au contrôle et aux congés pour raisons de santé.
Pour un agent contractuel, le régime du congé n’est pas nécessairement identique à celui du fonctionnaire titulaire.
La durée des droits à rémunération et la nature du congé peuvent notamment dépendre du statut et de l’ancienneté.
En revanche, il serait erroné de considérer que le nouveau contrôle administratif de présence ne concernerait que les fonctionnaires.
Les agents contractuels doivent eux aussi être particulièrement attentifs au lieu de repos déclaré et aux obligations de présence prévues par leur arrêt.
Les fonctionnaires territoriaux sont-ils concernés par les contrôles à domicile ?
Oui.
Le décret insère expressément un nouvel article 26-1 dans le décret du 30 juillet 1987 applicable à la fonction publique territoriale.
L’autorité territoriale pourra faire procéder au contrôle administratif de l’arrêt par une personne dûment habilitée.
Le texte reprend le même mécanisme : contrôle au domicile ou au lieu de repos, respect des plages de présence et interruption de la rémunération en cas d’absence injustifiée ou de refus du contrôle.
Les agents des communes, départements, régions et établissements publics territoriaux sont donc directement concernés.
Les agents hospitaliers sont-ils concernés ?
Oui également.
Le décret du 19 avril 1988 applicable aux fonctionnaires hospitaliers est modifié dans le même sens.
L’autorité investie du pouvoir de nomination peut faire procéder au contrôle administratif de l’arrêt de travail et l’absence injustifiée ou le refus du contrôle entraîne l’interruption de la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt.
Cette règle peut avoir une importance particulière dans les établissements hospitaliers, où les arrêts pour raisons de santé sont nombreux et où les administrations disposent déjà de procédures de contrôle médical.
Le nouveau contrôle de présence vient donc s’ajouter aux outils existants.
Peut-on refuser de laisser entrer le contrôleur à son domicile ?
Cette question doit être traitée avec prudence.
Le décret vise expressément le refus du contrôle comme l’un des motifs susceptibles d’entraîner l’interruption de la rémunération.
Cela ne signifie pas pour autant qu’une personne chargée d’un simple contrôle administratif dispose de pouvoirs généraux lui permettant d’inspecter librement le domicile de l’agent.
La finalité du contrôle demeure la vérification de sa présence.
En pratique, l’agent doit donc éviter toute attitude qui pourrait être interprétée comme un refus pur et simple de se soumettre au contrôle, tout en restant attentif à l’identité et à l’habilitation de la personne qui se présente.
Un contentieux pourrait notamment apparaître lorsque l’administration qualifie de « refus de contrôle » une situation dans laquelle l’agent conteste en réalité les modalités concrètes du contrôle.
L’analyse devra alors être effectuée au regard des circonstances précises.
Comment vérifier que la personne qui se présente est habilitée ?
Le décret impose que le contrôle soit effectué par une personne dûment habilitée.
Cette exigence n’est pas purement formelle.
Lorsqu’une interruption de rémunération repose sur le constat établi par un contrôleur, la question de son habilitation peut donc être vérifiée.
L’agent a intérêt à relever l’identité de la personne, le service ou organisme auquel elle indique appartenir ainsi que la date et l’heure exactes du contrôle.
Il ne faut pas créer artificiellement un incident en refusant toute coopération, mais il est parfaitement légitime de chercher à savoir qui procède à une vérification susceptible d’entraîner la suppression de plusieurs semaines de rémunération.
Un simple passage manqué peut-il faire perdre toute la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt ?
Le texte est particulièrement sévère : il prévoit que l’absence injustifiée entraîne l’interruption du versement de la rémunération jusqu’à la date de fin de l’arrêt.
C’est précisément cette conséquence qui devrait donner lieu à des contentieux.
La question essentielle sera souvent de déterminer si l’absence était réellement injustifiée et si toutes les conditions prévues par le texte étaient réunies.
Il faudra notamment vérifier l’heure du contrôle, les sorties autorisées par le médecin, l’existence éventuelle d’un rendez-vous médical, l’adresse à laquelle l’administration a envoyé le contrôleur et l’habilitation de ce dernier.
La contestation ne doit donc pas se limiter à affirmer que la sanction paraît sévère.
Elle doit démontrer que les conditions juridiques permettant l’interruption de la rémunération n’étaient pas remplies.
Peut-on contester une interruption de rémunération ?
Oui.
Une mesure ayant pour effet de priver un agent de sa rémunération peut être contestée devant le juge administratif lorsque les conditions du recours sont réunies.
Le dossier devra être constitué immédiatement.
L’avis d’arrêt de travail, la preuve du régime de sorties autorisées, les justificatifs de rendez-vous médical, la correspondance avec l’administration, la preuve de l’adresse déclarée ainsi que tout document concernant les conditions du contrôle devront être conservés.
Lorsqu’une somme importante est en jeu et que la diminution des ressources place l’agent dans une situation financière difficile, la possibilité d’une procédure d’urgence peut également être examinée en fonction des circonstances.
L’enjeu sera alors de démontrer que l’administration ne pouvait légalement interrompre la rémunération ou que les conditions dans lesquelles elle l’a fait sont sérieusement contestables.
L’administration peut-elle supprimer rétroactivement la rémunération ?
Toute décision doit être examinée à partir de sa base juridique exacte et de la période concernée.
Le nouveau dispositif prévoit une interruption liée à l’absence injustifiée ou au refus du contrôle.
Il ne faut donc pas automatiquement assimiler cette situation à une retenue pour absence de service fait ou à la remise en cause rétroactive de l’intégralité du congé maladie.
La qualification retenue par l’administration est importante.
Une décision faisant disparaître rétroactivement une rémunération sur une période antérieure au contrôle devra être examinée avec une attention particulière au regard des textes effectivement applicables.
L’agent doit donc demander ou conserver le document indiquant précisément la période sur laquelle porte l’interruption et son fondement.
Un agent malade peut-il désormais suivre une formation pendant son arrêt ?
La réforme introduit également une évolution intéressante en matière de maintien dans l’emploi.
Sous réserve d’obtenir l’avis favorable d’un médecin agréé, un fonctionnaire placé en congé de maladie, congé de longue maladie ou congé de longue durée peut demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétences destiné à favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle.
Dans la fonction publique territoriale, l’autorité doit notamment se prononcer sur cette demande dans un délai de trente jours. Des dispositifs comparables sont introduits dans les autres versants.
Cette disposition est importante pour les agents dont l’état de santé rend difficile un retour sur leur ancien poste mais permet d’anticiper une autre orientation professionnelle.
L’arrêt maladie n’est donc plus envisagé uniquement comme une période d’interruption totale de toute démarche professionnelle.
Certaines actions destinées à préparer la reprise ou la reconversion deviennent expressément possibles dans un cadre médicalement contrôlé.
Un examen médical peut-il être réalisé à distance ?
Oui.
Le décret prévoit également que certains examens médicaux des fonctionnaires placés en congé de maladie, congé de longue maladie ou congé de longue durée peuvent être réalisés à distance à l’aide d’un dispositif de téléconsultation répondant aux exigences du Code de la santé publique.
Cette évolution peut faciliter les démarches lorsque l’agent est éloigné géographiquement ou lorsque son état de santé rend les déplacements difficiles.
Elle ne signifie pas que tous les examens seront nécessairement effectués à distance.
La modalité retenue dépendra de la nature de l’examen et des conditions permettant une appréciation médicale adaptée.
Les primes évoluent-elles également pour les fonctionnaires de l’État en congé de longue maladie ?
Oui, et la réforme comporte sur ce point une modification favorable pour certains agents de l’État.
À compter du 1er septembre 2026, le régime de maintien des primes et indemnités des fonctionnaires de l’État en congé de longue maladie est modifié.
Le décret prévoit un maintien à hauteur de 33 % pendant la première année, puis de 60 % pendant les deuxième et troisième années, sous réserve naturellement des primes qui obéissent à des règles particulières ou sont exclues du dispositif.
Cette règle ne doit pas être confondue avec le niveau du traitement indiciaire.
Le régime de rémunération en congé de longue maladie comporte plusieurs composantes : traitement, supplément familial de traitement, indemnité de résidence et, selon les règles applicables, primes et indemnités.
Un agent constatant une baisse de rémunération doit donc identifier précisément la composante qui a été supprimée ou réduite avant de conclure à une erreur de son administration.
Quelles précautions prendre à partir du 1er septembre 2026 ?
La première précaution consiste à lire attentivement l’avis d’arrêt de travail.
Il faut vérifier ce que le médecin a indiqué concernant les sorties et connaître les périodes pendant lesquelles une présence à domicile est imposée.
La deuxième consiste à informer l’administration lorsque le lieu de repos est différent du domicile habituel et à conserver la preuve de cette information.
La troisième consiste à garder les justificatifs de toute absence pendant les horaires de présence obligatoire, en particulier lorsqu’elle correspond à des soins ou examens.
Enfin, il faut anticiper les prolongations d’arrêt et vérifier qu’elles sont établies par un professionnel habilité dans les conditions désormais prévues.
Ces précautions, relativement simples, peuvent éviter des conséquences financières considérables.
Que faire après un contrôle à domicile litigieux ?
Il faut commencer par noter immédiatement la date et l’heure du passage.
Il convient ensuite d’identifier la personne qui a effectué le contrôle et de conserver tout avis ou document laissé sur place.
Si l’agent était absent, il doit rassembler les éléments permettant d’expliquer cette absence : rendez-vous médical, examen, soins, régime de sorties libres ou autre circonstance pertinente.
Lorsque le lieu de repos était différent du domicile habituel, il faut également retrouver la preuve que cette adresse avait été communiquée.
Il est préférable d’adresser rapidement ces éléments à l’administration plutôt que d’attendre le bulletin de salaire suivant.
Une explication immédiate peut parfois éviter qu’une interruption de rémunération soit prononcée sur la base d’un simple constat d’absence.
Que faire si l’administration a déjà interrompu le traitement ?
Il faut demander ou examiner la décision servant de fondement à cette interruption.
La défense dépendra ensuite des circonstances.
Le contrôle a-t-il eu lieu à une heure où la présence était obligatoire ? Les sorties étaient-elles libres ? L’agent était-il à un rendez-vous médical ? L’administration disposait-elle de la bonne adresse ? La personne ayant effectué le contrôle était-elle régulièrement habilitée ? L’administration qualifie-t-elle correctement la période sur laquelle elle interrompt la rémunération ?
Une contestation utile doit répondre précisément à ces questions.
Il ne suffit pas de produire l’arrêt maladie initial : l’administration ne conteste pas nécessairement la maladie elle-même mais le respect d’une nouvelle obligation administrative liée au congé.
Quel est le délai pour saisir le tribunal administratif ?
Lorsqu’une décision individuelle défavorable est notifiée avec l’indication régulière des voies et délais de recours, le délai de recours devant le tribunal administratif est en principe de deux mois.
Il ne faut cependant pas attendre l’expiration de ce délai pour réagir lorsque la rémunération vient d’être interrompue.
La perte soudaine de plusieurs semaines de traitement peut avoir des conséquences financières immédiates.
Une analyse rapide permet de déterminer s’il convient de former un recours auprès de l’administration, de saisir directement le tribunal administratif ou d’envisager parallèlement une procédure d’urgence.
La stratégie dépend notamment du montant en jeu, de la durée restante de l’arrêt et de la solidité des justificatifs dont dispose l’agent.
Pourquoi la réforme du 1er septembre 2026 risque-t-elle de créer de nouveaux contentieux ?
Parce qu’elle introduit dans la fonction publique un mécanisme de contrôle administratif particulièrement contraignant assorti d’une conséquence financière immédiate.
De nombreuses difficultés pratiques peuvent apparaître : mauvaise adresse utilisée par l’administration, contrôle intervenu pendant des soins, désaccord sur le caractère libre des sorties, contestation de l’habilitation du contrôleur ou confusion entre contrôle administratif et contrôle médical.
La formulation du décret est également sévère puisque l’interruption de rémunération est prévue jusqu’à la fin de l’arrêt en cas d’absence injustifiée ou de refus du contrôle.
La qualification d’« absence injustifiée » devrait donc être au cœur de nombreux litiges.
Dans ce contexte, la conservation des preuves devient déterminante.
Pourquoi consulter rapidement un avocat en cas d’interruption de rémunération ?
Ces nouveaux contentieux vont associer droit de la fonction publique, réglementation des arrêts de travail et questions de preuve.
La décision peut paraître simple : l’administration constate que l’agent n’était pas chez lui et interrompt son traitement.
Mais la légalité de cette mesure dépend de plusieurs conditions.
Il faut vérifier le régime de sorties, l’horaire du passage, le lieu déclaré, l’habilitation du contrôleur, les justifications apportées par l’agent et la période exacte sur laquelle l’administration applique l’interruption.
L’avocat peut également examiner si une procédure d’urgence est pertinente lorsque la perte de rémunération compromet sérieusement la situation financière de l’agent.
L’intérêt d’une intervention rapide est précisément d’éviter qu’une difficulté de preuve ne se transforme en plusieurs semaines ou mois de contentieux.
Arrêt maladie des agents publics : ce qu’il faut retenir du 1er septembre 2026
Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 marque une évolution importante du régime des congés pour raisons de santé dans la fonction publique.
À compter du 1er septembre 2026, les administrations disposent notamment d’un véritable pouvoir de contrôle administratif de la présence de l’agent à son domicile ou à son lieu de repos.
Pour les arrêts comportant des sorties autorisées mais non libres, les plages de présence à retenir sont en principe de 9 heures à 11 heures et de 14 heures à 16 heures. Une absence injustifiée ou un refus de contrôle peut conduire à l’interruption du versement de la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt.
Les prescriptions sont également davantage encadrées : à compter de la même date, l’arrêt initial est en principe plafonné à 31 jours et sa prolongation à 62 jours, tandis que les règles concernant l’auteur de la prolongation deviennent directement importantes pour le maintien de la rémunération.
Ces nouvelles obligations ne signifient cependant pas que l’administration peut interrompre automatiquement la rémunération dès qu’un agent n’est pas trouvé à son domicile.
Le contrôle doit respecter les conditions prévues par les textes et l’absence doit être injustifiée.
Un rendez-vous médical, des sorties libres régulièrement prescrites, une erreur sur le lieu de repos ou une irrégularité affectant le contrôle peuvent donc modifier complètement l’analyse.
Le Cabinet Chavkhalov & Milcent Avocats accompagne les fonctionnaires et agents publics confrontés à un contrôle d’arrêt maladie, à une interruption de traitement ou à une contestation relative à leurs droits pendant un congé pour raison de santé, afin d’analyser la décision de l’administration et d’engager, lorsque les conditions sont réunies, les recours adaptés.
